validate_files
Valida ficheiros BAM, bigWig e BED para análise do deepTools. Verifica a existência do ficheiro, a indexação adequada e os requisitos básicos de formato.
- Skills
- Científico
- 0
Para que serve e como usar
Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.
- Instale a skill (comando acima).
- No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
- Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.
Instalar (Claude Code)
mkdir -p .claude/skills/validate-files && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__validate-files.md -o .claude/skills/validate-files/SKILL.mdCole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.
Conteúdo
#!/usr/bin/env python3
"""
deepTools File Validation Script
Validates BAM, bigWig, and BED files for deepTools analysis.
Checks for file existence, proper indexing, and basic format requirements.
"""
import os
import sys
import argparse
from pathlib import Path
def check_file_exists(filepath):
"""Check if file exists and is readable."""
if not os.path.exists(filepath):
return False, f"File not found: {filepath}"
if not os.access(filepath, os.R_OK):
return False, f"File not readable: {filepath}"
return True, f"✓ File exists: {filepath}"
def check_bam_index(
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