tools_reference

Este documento fornece uma referência completa para todos os utilitários de linha de comandos do deepTools organizados por categoria.

Skills
Científico
4

Para que serve e como usar

Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.

Instale a skill (comando acima).
No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.

Instalar (Claude Code)

mkdir -p .claude/skills/tools-reference && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__tools-reference.md -o .claude/skills/tools-reference/SKILL.md

Cole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.

Conteúdo

ENPT

# deepTools Complete Tool Reference

This document provides a comprehensive reference for all deepTools command-line utilities organized by category.

## BAM and bigWig File Processing Tools

### multiBamSummary

Computes read coverages for genomic regions across multiple BAM files, outputting compressed numpy arrays for downstream correlation and PCA analysis.

**Modes:**
- **bins**: Genome-wide analysis using consecutive equal-sized windows (default 10kb)
- **BED-file**: Restricts analysis to user-specified genomic regions

**Key Parameters:**
- `--bamfiles, -b`: Indexed BAM files (space-sep

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