sequence_files

O Pysam fornece a classe FastaFile para acesso aleatório e indexado a sequências de referência FASTA. Os ficheiros FASTA devem ser indexados com samtools faidx antes da sua utilização.

Skills
Científico
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Para que serve e como usar

Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.

Instale a skill (comando acima).
No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.

Instalar (Claude Code)

mkdir -p .claude/skills/sequence-files && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__sequence-files.md -o .claude/skills/sequence-files/SKILL.md

Cole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.

Conteúdo

ENPT

# Working with Sequence Files (FASTA/FASTQ)

## FASTA Files

### Overview

Pysam provides the `FastaFile` class for indexed, random access to FASTA reference sequences. FASTA files must be indexed with `samtools faidx` before use.

### Opening FASTA Files

```python
import pysam

# Open indexed FASTA file
fasta = pysam.FastaFile("reference.fasta")

# Automatically looks for reference.fasta.fai index
```

### Creating FASTA Index

```python
# Create index using pysam
pysam.faidx("reference.fasta")

# Or using samtools command
pysam.samtools.faidx("reference.fasta")
```

This creates a `.fai` in

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