scanpy

Análise de RNA-seq de célula única. Carregar dados .h5ad/10X, controlo de qualidade (QC), normalização, PCA/UMAP/t-SNE, clustering Leiden, genes marcadores, anotação de tipos de células, trajetória, para análise de scRNA-seq.

Skills
Científico
11

Para que serve e como usar

Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.

Instale a skill (comando acima).
No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.

Instalar (Claude Code)

mkdir -p .claude/skills/scanpy && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__scanpy.md -o .claude/skills/scanpy/SKILL.md

Cole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.

Conteúdo

ENPT

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name: scanpy
description: "Single-cell RNA-seq analysis. Load .h5ad/10X data, QC, normalization, PCA/UMAP/t-SNE, Leiden clustering, marker genes, cell type annotation, trajectory, for scRNA-seq analysis."
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# Scanpy: Single-Cell Analysis

## Overview

Scanpy is a scalable Python toolkit for analyzing single-cell RNA-seq data, built on AnnData. Apply this skill for complete single-cell workflows including quality control, normalization, dimensionality reduction, clustering, marker gene identification, visualization, and trajectory analysis.

## When to Use This Skill

This skill should b

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