run_deseq2_analysis
Este script realiza uma análise completa de expressão diferencial utilizando o PyDESeq2. Pode ser utilizado como modelo para fluxos de trabalho padrão de RNA-seq DEA.
- Skills
- Científico
- 1
Para que serve e como usar
Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.
- Instale a skill (comando acima).
- No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
- Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.
Instalar (Claude Code)
mkdir -p .claude/skills/run-deseq2-analysis && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__run-deseq2-analysis.md -o .claude/skills/run-deseq2-analysis/SKILL.mdCole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.
Conteúdo
#!/usr/bin/env python3
"""
PyDESeq2 Analysis Script
This script performs a complete differential expression analysis using PyDESeq2.
It can be used as a template for standard RNA-seq DEA workflows.
Usage:
python run_deseq2_analysis.py --counts counts.csv --metadata metadata.csv \
--design "~condition" --contrast condition treated control \
--output results/
Requirements:
- pydeseq2
- pandas
- matplotlib (optional, for plots)
"""
import argparse
import os
import pickle
import sys
from pathlib import Path
import pandas as pd
try:
from pydeseq2.dds
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