query_gene

Este script fornece acesso às funções ESearch, ESummary e EFetch para pesquisar e obter informações sobre genes.

Skills
Científico
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Para que serve e como usar

Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.

Instale a skill (comando acima).
No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.

Instalar (Claude Code)

mkdir -p .claude/skills/query-gene && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__query-gene.md -o .claude/skills/query-gene/SKILL.md

Cole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.

Conteúdo

ENPT

#!/usr/bin/env python3
"""
Query NCBI Gene database using E-utilities.

This script provides access to ESearch, ESummary, and EFetch functions
for searching and retrieving gene information.
"""

import argparse
import json
import sys
import time
import urllib.parse
import urllib.request
from typing import Optional, Dict, List, Any
from xml.etree import ElementTree as ET


BASE_URL = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/"
DB = "gene"


def esearch(query: str, retmax: int = 20, api_key: Optional[str] = None) -> List[str]:
    """
    Search NCBI Gene database and return list of Gene ID

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