qc_analysis
Realiza um controlo de qualidade abrangente sobre dados de RNA-seq de célula única, incluindo o cálculo de métricas, a geração de gráficos de QC e a filtragem de células.
- Skills
- Científico
- 1
Para que serve e como usar
Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.
- Instale a skill (comando acima).
- No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
- Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.
Instalar (Claude Code)
mkdir -p .claude/skills/qc-analysis && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__qc-analysis.md -o .claude/skills/qc-analysis/SKILL.mdCole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.
Conteúdo
#!/usr/bin/env python3
"""
Quality Control Analysis Script for Scanpy
Performs comprehensive quality control on single-cell RNA-seq data,
including calculating metrics, generating QC plots, and filtering cells.
Usage:
python qc_analysis.py <input_file> [--output <output_file>]
"""
import argparse
import scanpy as sc
import matplotlib.pyplot as plt
def calculate_qc_metrics(adata, mt_threshold=5, min_genes=200, min_cells=3):
"""
Calculate QC metrics and filter cells/genes.
Parameters:
-----------
adata : AnnData
Annotated data matrix
mt_threshold : float
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