pysam
Toolkit de ficheiros genómicos. Ler/escrever alinhamentos SAM/BAM/CRAM, variantes VCF/BCF, sequências FASTA/FASTQ, extrair regiões, calcular cobertura, para pipelines de processamento de dados NGS.
- Skills
- Científico
- 9
Para que serve e como usar
Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.
- Instale a skill (comando acima).
- No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
- Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.
Instalar (Claude Code)
mkdir -p .claude/skills/pysam && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__pysam.md -o .claude/skills/pysam/SKILL.mdCole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.
Conteúdo
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name: pysam
description: "Genomic file toolkit. Read/write SAM/BAM/CRAM alignments, VCF/BCF variants, FASTA/FASTQ sequences, extract regions, calculate coverage, for NGS data processing pipelines."
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# Pysam
## Overview
Pysam is a Python module for reading, manipulating, and writing genomic datasets. Read/write SAM/BAM/CRAM alignment files, VCF/BCF variant files, and FASTA/FASTQ sequences with a Pythonic interface to htslib. Query tabix-indexed files, perform pileup analysis for coverage, and execute samtools/bcftools commands.
## When to Use This Skill
This skill should be used whe
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