pydeseq2
Análise de expressão genética diferencial (Python DESeq2). Identificar genes DE a partir de contagens de RNA-seq em massa, testes de Wald, correção FDR, gráficos volcano/MA, para análise de RNA-seq.
- Skills
- Científico
- 9
Para que serve e como usar
Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.
- Instale a skill (comando acima).
- No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
- Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.
Instalar (Claude Code)
mkdir -p .claude/skills/pydeseq2 && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__pydeseq2.md -o .claude/skills/pydeseq2/SKILL.mdCole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.
Conteúdo
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name: pydeseq2
description: "Differential gene expression analysis (Python DESeq2). Identify DE genes from bulk RNA-seq counts, Wald tests, FDR correction, volcano/MA plots, for RNA-seq analysis."
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# PyDESeq2
## Overview
PyDESeq2 is a Python implementation of DESeq2 for differential expression analysis with bulk RNA-seq data. Design and execute complete workflows from data loading through result interpretation, including single-factor and multi-factor designs, Wald tests with multiple testing correction, optional apeGLM shrinkage, and integration with pandas and AnnData.
## When to
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