prepare_batch_csv
Este script ajuda a preparar e validar ficheiros CSV para o processamento em lote do DiffDock. Verifica as colunas necessárias, valida os caminhos dos ficheiros e garante que as cadeias SMILES estão devidamente formatadas.
- Skills
- Científico
- 0
Para que serve e como usar
Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.
- Instale a skill (comando acima).
- No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
- Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.
Instalar (Claude Code)
mkdir -p .claude/skills/prepare-batch-csv && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__prepare-batch-csv.md -o .claude/skills/prepare-batch-csv/SKILL.mdCole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.
Conteúdo
#!/usr/bin/env python3
"""
DiffDock Batch CSV Preparation and Validation Script
This script helps prepare and validate CSV files for DiffDock batch processing.
It checks for required columns, validates file paths, and ensures SMILES strings
are properly formatted.
Usage:
python prepare_batch_csv.py input.csv --validate
python prepare_batch_csv.py --create --output batch_input.csv
"""
import argparse
import os
import sys
import pandas as pd
from pathlib import Path
try:
from rdkit import Chem
from rdkit import RDLogger
RDLogger.DisableLog('rdApp.*')
RDKIT_AVAILABLE =
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