plotting_guide

Guia abrangente para criar visualizações com qualidade de publicação com o scanpy.

Skills
Científico
4

Para que serve e como usar

Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.

Instale a skill (comando acima).
No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.

Instalar (Claude Code)

mkdir -p .claude/skills/plotting-guide && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__plotting-guide.md -o .claude/skills/plotting-guide/SKILL.md

Cole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.

Conteúdo

ENPT

# Scanpy Plotting Guide

Comprehensive guide for creating publication-quality visualizations with scanpy.

## General Plotting Principles

All scanpy plotting functions follow consistent patterns:
- Functions in `sc.pl.*` mirror analysis functions in `sc.tl.*`
- Most accept `color` parameter for gene names or metadata columns
- Results are saved via `save` parameter
- Multiple plots can be generated in a single call

## Essential Quality Control Plots

### Visualize QC Metrics

```python
# Violin plots for QC metrics
sc.pl.violin(adata, ['n_genes_by_counts', 'total_counts', 'pct_counts_mt'],
 

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