neuropixels_pipeline

Com base nas recomendações da SpikeInterface, do Allen Institute e do IBL.

Skills
Científico
1

Para que serve e como usar

Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.

Instale a skill (comando acima).
No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.

Instalar (Claude Code)

mkdir -p .claude/skills/neuropixels-pipeline && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__neuropixels-pipeline.md -o .claude/skills/neuropixels-pipeline/SKILL.md

Cole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.

Conteúdo

ENPT

#!/usr/bin/env python3
"""
Neuropixels Data Analysis Pipeline (Best Practices Version)

Based on SpikeInterface, Allen Institute, and IBL recommendations.

Usage:
    python neuropixels_pipeline.py /path/to/spikeglx/data /path/to/output

References:
    - https://spikeinterface.readthedocs.io/en/stable/how_to/analyze_neuropixels.html
    - https://github.com/AllenInstitute/ecephys_spike_sorting
"""

import argparse
from pathlib import Path
import json
import spikeinterface.full as si
import numpy as np


def load_recording(data_path: str, stream_id: str = 'imec0.ap') -> si.BaseRecording:
    "

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