models-atac-seq
Este documento abrange modelos para analisar dados de ATAC-seq de célula única e acessibilidade da cromatina no scvi-tools.
- Skills
- Científico
- 0
Para que serve e como usar
Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.
- Instale a skill (comando acima).
- No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
- Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.
Instalar (Claude Code)
mkdir -p .claude/skills/models-atac-seq && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__models-atac-seq.md -o .claude/skills/models-atac-seq/SKILL.mdCole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.
Conteúdo
# ATAC-seq and Chromatin Accessibility Models
This document covers models for analyzing single-cell ATAC-seq and chromatin accessibility data in scvi-tools.
## PeakVI
**Purpose**: Analysis and integration of single-cell ATAC-seq data using peak counts.
**Key Features**:
- Variational autoencoder specifically designed for scATAC-seq peak data
- Learns low-dimensional representations of chromatin accessibility
- Performs batch correction across samples
- Enables differential accessibility testing
- Integrates multiple ATAC-seq datasets
**When to Use**:
- Analyzing scATAC-seq peak count matr
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