fragments_scaffolds

Os scaffolds representam a estrutura central das moléculas, sendo úteis para identificar famílias estruturais e analisar relações estrutura-atividade (SAR).

Skills
Científico
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Para que serve e como usar

Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.

Instale a skill (comando acima).
No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.

Instalar (Claude Code)

mkdir -p .claude/skills/fragments-scaffolds && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__fragments-scaffolds.md -o .claude/skills/fragments-scaffolds/SKILL.md

Cole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.

Conteúdo

ENPT

# Datamol Fragments and Scaffolds Reference

## Scaffolds Module (`datamol.scaffold`)

Scaffolds represent the core structure of molecules, useful for identifying structural families and analyzing structure-activity relationships (SAR).

### Murcko Scaffolds

#### `dm.to_scaffold_murcko(mol)`
Extract Bemis-Murcko scaffold (molecular framework).
- **Method**: Removes side chains, retaining ring systems and linkers
- **Returns**: Molecule object representing the scaffold
- **Use case**: Identify core structures across compound series
- **Example**:
  ```python
  mol = dm.to_mol("c1ccc(cc1)CCN") 

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