deeptools

Toolkit de análise de NGS. Conversão de BAM para bigWig, QC (correlação, PCA, fingerprints), heatmaps/perfis (TSS, picos), para visualização de ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq.

Skills
Científico
9

Para que serve e como usar

Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.

Instale a skill (comando acima).
No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.

Instalar (Claude Code)

mkdir -p .claude/skills/deeptools && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__deeptools.md -o .claude/skills/deeptools/SKILL.md

Cole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.

Conteúdo

ENPT

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name: deeptools
description: "NGS analysis toolkit. BAM to bigWig conversion, QC (correlation, PCA, fingerprints), heatmaps/profiles (TSS, peaks), for ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq visualization."
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# deepTools: NGS Data Analysis Toolkit

## Overview

deepTools is a comprehensive suite of Python command-line tools designed for processing and analyzing high-throughput sequencing data. Use deepTools to perform quality control, normalize data, compare samples, and generate publication-quality visualizations for ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq, MNase-seq, and other NGS experiments.

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