batch_sequence_analysis
for i, seq_data in enumerate(sequences): print(f" {i+1}. A prever a estrutura de {seq_data['id']}...") try: structure_dir = output_path / f"structure_{seq_data['id']}" # Descomente para executar a previsão do AlphaFold: # gget.alphafold(se
- Skills
- Científico
- 0
Para que serve e como usar
Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.
- Instale a skill (comando acima).
- No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
- Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.
Instalar (Claude Code)
mkdir -p .claude/skills/batch-sequence-analysis && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__batch-sequence-analysis.md -o .claude/skills/batch-sequence-analysis/SKILL.mdCole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.
Conteúdo
#!/usr/bin/env python3
"""
Batch Sequence Analysis Script
Analyze multiple sequences: BLAST, alignment, and structure prediction
"""
import argparse
import sys
from pathlib import Path
import gget
def read_fasta(fasta_file):
"""Read sequences from FASTA file."""
sequences = []
current_id = None
current_seq = []
with open(fasta_file, "r") as f:
for line in f:
line = line.strip()
if line.startswith(">"):
if current_id:
sequences.append({"id": current_id, "seq": "".join(current_seq)})
curre
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