basic_grn_inference

Este script demonstra o fluxo de trabalho padrão para inferir redes de regulação génica a partir de dados de expressão utilizando o GRNBoost2.

Skills
Científico
2

Para que serve e como usar

Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.

Instale a skill (comando acima).
No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.

Instalar (Claude Code)

mkdir -p .claude/skills/basic-grn-inference && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__basic-grn-inference.md -o .claude/skills/basic-grn-inference/SKILL.md

Cole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.

Conteúdo

ENPT

#!/usr/bin/env python3
"""
Basic GRN inference example using Arboreto.

This script demonstrates the standard workflow for inferring gene regulatory
networks from expression data using GRNBoost2.

Usage:
    python basic_grn_inference.py <expression_file> <output_file> [--tf-file TF_FILE] [--seed SEED]

Arguments:
    expression_file: Path to expression matrix (TSV format, genes as columns)
    output_file: Path for output network (TSV format)
    --tf-file: Optional path to transcription factors file (one per line)
    --seed: Random seed for reproducibility (default: 777)
"""

import argpars

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