alignment_files
O Pysam fornece a classe AlignmentFile para leitura e escrita de ficheiros formatados em SAM/BAM/CRAM contendo dados de sequências alinhadas. Os ficheiros BAM/CRAM suportam compressão e acesso aleatório através de indexação.
- Skills
- Científico
- 3
Para que serve e como usar
Uma skill que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.
- Instale a skill (comando acima).
- No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
- Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.
Instalar (Claude Code)
mkdir -p .claude/skills/alignment-files && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__alignment-files.md -o .claude/skills/alignment-files/SKILL.mdCole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.
Conteúdo
# Working with Alignment Files (SAM/BAM/CRAM)
## Overview
Pysam provides the `AlignmentFile` class for reading and writing SAM/BAM/CRAM formatted files containing aligned sequence data. BAM/CRAM files support compression and random access through indexing.
## Opening Alignment Files
Specify format via mode qualifier:
- `"rb"` - Read BAM (binary)
- `"r"` - Read SAM (text)
- `"rc"` - Read CRAM (compressed)
- `"wb"` - Write BAM
- `"w"` - Write SAM
- `"wc"` - Write CRAM
```python
import pysam
# Reading
samfile = pysam.AlignmentFile("example.bam", "rb")
# Writing (requires template or header
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