# standard_workflow

> Este documento descreve o fluxo de trabalho padrão para analisar dados de RNA-seq de célula única utilizando o scanpy.

- Fonte: https://doutorai.pt/componentes/skills__standard-workflow
- Tipo: Skills
- Categoria: Científico
- Downloads: 0
- Site: Doutor AI (https://doutorai.pt) - ferramentas de IA para pequenos negócios em português

Componente da comunidade open-source, selecionado, traduzido e adaptado pelo Doutor AI.

## Para que serve e como usar

Uma **skill** que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.

1. Instale a skill (comando acima).
2. No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
3. Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.

## Instalar (Claude Code)

```bash
mkdir -p .claude/skills/standard-workflow && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__standard-workflow.md -o .claude/skills/standard-workflow/SKILL.md
```

Cole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.

## Conteúdo

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# Standard Scanpy Workflow for Single-Cell Analysis

This document outlines the standard workflow for analyzing single-cell RNA-seq data using scanpy.

## Complete Analysis Pipeline

### 1. Data Loading and Initial Setup

```python
import scanpy as sc
import pandas as pd
import numpy as np

# Configure scanpy settings
sc.settings.verbosity = 3  # verbosity: errors (0), warnings (1), info (2), hints (3)
sc.settings.set_figure_params(dpi=80, facecolor='white')

# Load data (various formats)
adata = sc.read_10x_mtx('path/to/data/')  # For 10X data
# adata = sc.read_h5ad('path/to/data.h5ad')  # Fo

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