# qc_analysis

> Realiza um controlo de qualidade abrangente sobre dados de RNA-seq de célula única, incluindo o cálculo de métricas, a geração de gráficos de QC e a filtra

- Fonte: https://doutorai.pt/componentes/skills__qc-analysis
- Tipo: Skills
- Categoria: Científico
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Componente da comunidade open-source, selecionado, traduzido e adaptado pelo Doutor AI.

## Para que serve e como usar

Uma **skill** que ensina o Claude Code a executar bem tarefas de científico. É conhecimento empacotado que o modelo passa a usar sempre que for relevante.

1. Instale a skill (comando acima).
2. No Claude Code, descreva o que precisa - a skill ativa-se sozinha quando o contexto encaixa.
3. Não precisa de decorar comandos: fala em linguagem natural e a skill faz o resto.

## Instalar (Claude Code)

```bash
mkdir -p .claude/skills/qc-analysis && curl -fsSL https://doutorai.pt/data/lib/skills__qc-analysis.md -o .claude/skills/qc-analysis/SKILL.md
```

Cole este comando no terminal, na pasta do seu projeto, e o componente é instalado automaticamente.

## Conteúdo

```
#!/usr/bin/env python3
"""
Quality Control Analysis Script for Scanpy

Performs comprehensive quality control on single-cell RNA-seq data,
including calculating metrics, generating QC plots, and filtering cells.

Usage:
    python qc_analysis.py <input_file> [--output <output_file>]
"""

import argparse
import scanpy as sc
import matplotlib.pyplot as plt


def calculate_qc_metrics(adata, mt_threshold=5, min_genes=200, min_cells=3):
    """
    Calculate QC metrics and filter cells/genes.

    Parameters:
    -----------
    adata : AnnData
        Annotated data matrix
    mt_threshold : float

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```

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